Szczury terroryzują aligatora Ryśka. By się zemścić, pingwiny postanawiają zamienić jego mózg na mózg Rico. Do zoo wysłany zostaje robot, który przed wylotem w kosmos ma poznać zwyczaje lemurów.
Pingwiny zabierają Marlenkę na misję do parku. Wydra nie radzi sobie z wolnością i przeżywa szok. Kot Max ucieka przed złym weterynarzem. Prosi o pomoc pingwiny, które postanawiają go zakamuflować.
Rico znajduje w ciasteczku przerażająca wróżbę. Próbuje ją zignorować. Jednak Julian uważa, że musi się ona spełnić dla jego własnego dobra. Tymczasem do zoo przyjeżdża szympansica Lulu. Phil się w niej zakochuje, ale jej podoba Mason.
Z powodu wścibskiego naukowca pingwiny muszą opuścić zoo. Aby uratować przed nim ogród, muszą zaufać lemurom. Stojąc na warcie Szeregowy zauważa orkę. Nikt mu jednak nie wierzy. Pingwin postanawia samotnie stanąć z nią do walki.
Dziewczynka gubi w zoo lalkę. Rico postanawia oddać jej swoją. Szeregowy przekonuje go, że dobre uczynki wracają. Następnie pingwiny łapią szopa, który okrada mieszkańców zoo. Złodziej próbuje je przekonać, że robi to dla głodujących zwierząt z parku.
Powraca wielki wróg pingwinów. Doktor Bulgot postanawia wziąć odwet na nielotach. W ramach zemsty uprowadza króla Juliana. Skipper i jego zespół ruszają mu na ratunek. Ponadto muszą pokrzyżować niecne plany Bulgota, który zamierza zniszczyć całą planetę.
Julian jest zmartwiony faktem, że taniec pawianów podoba się widzom bardziej niż ten w jego wykonaniu. Przeprowadza próbę sabotażu. W zoo gaśnie światło. Julian przekonuje wszystkich, że powinni wrócić do 'praw dżungli'. Powoduje to chaos.
Skipper ma wypadek i trafia do weterynarza. Jego towarzysze myślą, że zmienił się w potwora. Teraz musi ich przekonać, że nim nie jest. Tymczasem do zoo przylatuje rój szerszeni. Pingwiny muszą znaleźć sposób, jak nie dać się pogryźć.
Skipper obrywa w głowę i nie może poprowadzić pingwinów na misję. Wszyscy członkowie drużyny chcą zająć jego miejsce. Szeregowy przypadkiem wypija serum prawdy i rozpowiada sekrety pingwinów całemu zoo. Ujawnia, że szpiegują swoich sąsiadów.
Alice mówi, że jeden z pingwinów jest samicą. Z tego powodu Skipper ma kryzys tożsamości. Marlenka przekonuje go, że wciąż może być szefem. Po kłótni z Philem Mason wprowadza się do pingwinów. Okazuje się bardzo męczącym gościem.
Kowalski tworzy żywego żelka, który zaczyna kraść owoce. Pingwiny muszą się go pozbyć. Ludzie zamiast odwiedzać zoo wolą oglądać telewizję, pingwiny muszą więc jakoś zareklamować zoo.
Wielka ryba zaczyna terroryzować mieszkańców stawu. Skipper postanawia ją pokonać. Tymczasem w zoo ląduje piękna sokolica. Skipper upiera się, że powinna zostać z nimi aż wydobrzeje. Inne zwierzęta boją się, że padną jej łupem.
Szeregowy traci miejsce na okładce broszury o zoo na rzecz Morta. Bing i Bada chcą mu pomóc. Gdy Mort znika, Szeregowy ma wyrzuty sumienia. Tymczasem do zoo trafia dawny rywal Skippera.