Pingwiny tracą dostęp do swojego ulubionego popcornu. Mimo to nie poddają się i planują odzyskać słony przysmak. Na wybiegu lemurów ląduje aparat fotograficzny. Podczas kłótni o to, kto powinien go zatrzymać, znika Maurice.
W zoo pojawiają się kamery internetowe. Wkrótce Szeregowy staje się gwiazdą sieci. Z winy Skippera król Julian traci swoją ukochaną koronę, która dostaje się do ścieków. Pingwiny wyruszają na niebezpieczną misję, aby ją odzyskać.
Król Julian jest zazdrosny o popularność pluszowych Mortów. W efekcie prawdziwy Mort trafia do fabryki pluszaków. Maurice przekupuje zwierzęta w zoo cukierkami, aby zgodziły się świętować dzień Króla Juliana. Tylko Skipper stawia opór.
Skipper kradnie baterie do magnetofonu Juliana. Po szalonym pościgu obaj trafiają na wybieg wściekłego kangura. Marlenka znajduje zagubione jajko i oddaje je pod opiekę pingwinów. Król Julian jest o nie zazdrosny.
Król Julian karze Morta banicją za dotykanie jego stopy. Pingwiny podejmują próbę wyleczenia go z obsesji na punkcie królewskich stóp. Następnie walczą z lemurami o przejęcie sztandaru, jednak ekipa Skippera wciąż przegrywa.
Marlenka idzie na spotkanie z nowym zwierzęciem w zoo i znika. Pingwiny i lemury, które chcą ją odnaleźć również przepadają. Na posterunku zostaje tylko Kowalski. Julian trafia do szpitala, a władzę przejmuje Maurice.
Pingwiny stają do rywalizacji z lemurami. W swoich pojazdach mają ścigać się dookoła zoo. Zwycięzca wygrywa maszynę przegranego. Rico połyka tykającą bombę zegarową. Jego przyjaciele muszą znaleźć sposób, aby go uratować.
Pingwiny zamiast ryb dostają ciasteczka. Gdy sytuacja powtarza się kolejnego dnia - Skipper i jego podwładni postanawiają interweniować. Julian cieszy się, że w zoo przestało pachnieć rybami.
Skipper boi się igieł tak bardzo, że ucieka przed szczepieniem. Przyjaciele chcą mu pomóc przez to przejść, ponieważ inaczej będzie musiał on opuścić zoo. Następnie małpy wykorzystują zaćmienie Słońca, aby wmówić Julianowi, że bogowie są na niego źli.
Mort zostaje poddany działaniu superpromienia Kowalskiego. Staje się po tym duży i silny. Wówczas zaczyna odgrywać się na wszystkich, którzy mu dokuczali. Marlenka ma nową lokatorkę. Początkowo jest z tego powodu bardzo zadowolona.
Szczury terroryzują aligatora Ryśka. By się zemścić, pingwiny postanawiają zamienić jego mózg na mózg Rico. Do zoo wysłany zostaje robot, który przed wylotem w kosmos ma poznać zwyczaje lemurów.
Pingwiny zabierają Marlenkę na misję do parku. Wydra nie radzi sobie z wolnością i przeżywa szok. Kot Max ucieka przed złym weterynarzem. Prosi o pomoc pingwiny, które postanawiają go zakamuflować.
Z powodu wścibskiego naukowca pingwiny muszą opuścić zoo. Aby uratować przed nim ogród, muszą zaufać lemurom. Stojąc na warcie Szeregowy zauważa orkę. Nikt mu jednak nie wierzy. Pingwin postanawia samotnie stanąć z nią do walki.
Dziewczynka gubi w zoo lalkę. Rico postanawia oddać jej swoją. Szeregowy przekonuje go, że dobre uczynki wracają. Następnie pingwiny łapią szopa, który okrada mieszkańców zoo. Złodziej próbuje je przekonać, że robi to dla głodujących zwierząt z parku.
Powraca wielki wróg pingwinów. Doktor Bulgot postanawia wziąć odwet na nielotach. W ramach zemsty uprowadza króla Juliana. Skipper i jego zespół ruszają mu na ratunek. Ponadto muszą pokrzyżować niecne plany Bulgota, który zamierza zniszczyć całą planetę.
Skipper ma wypadek i trafia do weterynarza. Jego towarzysze myślą, że zmienił się w potwora. Teraz musi ich przekonać, że nim nie jest. Tymczasem do zoo przylatuje rój szerszeni. Pingwiny muszą znaleźć sposób, jak nie dać się pogryźć.
Skipper obrywa w głowę i nie może poprowadzić pingwinów na misję. Wszyscy członkowie drużyny chcą zająć jego miejsce. Szeregowy przypadkiem wypija serum prawdy i rozpowiada sekrety pingwinów całemu zoo. Ujawnia, że szpiegują swoich sąsiadów.
Lemury wdają się w kłótnię. Maurice i Mort wyprowadzają się. Samotny Julian próbuje przekonać do siebie pingwiny. Do zoo wprowadza się mała wredna trująca żabka, która zaczyna straszyć zwierzęta. Pingwiny muszą ją pokonać, lecz nie mogą jej dotknąć.
Pingwiny próbują pomóc słoniowi wymknąć się z zoo, ale gdy poznają jego prawdziwe intencje, próbują go powstrzymać. Marlenka zakochuje się w wiewiórce o imieniu Fred. Pingwiny nie rozumieją, co wydra w nim widzi.
Szeregowy traci miejsce na okładce broszury o zoo na rzecz Morta. Bing i Bada chcą mu pomóc. Gdy Mort znika, Szeregowy ma wyrzuty sumienia. Tymczasem do zoo trafia dawny rywal Skippera.